Au début de la série, Yugi est un jeune (ou plutôt petit XD) lycéen, tourmenté par ses camarades Jono-Uchi et Honda (Joey & Tristan). Ces deux là trouvent toujours une bonne raison pour l'embêter. Heureseument, Anzu (Téa) est toujours là pour protéger Yugi. Yugi possède et emmène toujours sur lui un puzzle à cause duquel ses "camarades" l'embêtent : ce puzzle n'est autre que le Puzzle Millenaire. Il le considère comme son trésor le plus précieux et essaie de l'assembler depuis 8 ans. Arriva alors le jour où Yugi se fit racketté et reconstitua sans s'en rendre compte le puzzle et en obtînt inconsciement les pouvoirs :Yami Yugi est né. Son "autre lui" le tirera d'affaire et lui donnera de vrais amis : Joey et Tristan. Voici donc le début de la complicité entre Yugi et ses amis.

Sans s'en rendre compte, Yugi se transforme à chaque fois qu'un de ses amis ou lui sont en danger et les affronte à un jeu: Le jeu de la sanction du Destin. Le perdant se voit infligé une le jeu de lasanction et sont âme détruite.

C'est en se rendant au musée que Yugi fera la connaissance de Shahdi, gardien des items millénaires. Ce dernier avait comme intention de vérifier si Yugi était bien digne du Puzzle millénaire. C'est avec difficultés que Yugi, une fois métamorphosé (Shahdi s'en étant pris à Téa) remporte les 3 épreuves que lui sontimposées.

Et c'est aussi par hasard que Yugi et ses amis rencontrent Bakura, jeune garçon qui possède un objet : L'anneau millénaire. Ce dernier pris le contrôle de Bakura et entraîna Yugi et ses amis dans un jeu de plateau dont l'enjeu est leur vie! Mais ils en sortirent saufs et sauvèrent Bakura de l'influence de l'anneau.

C'est dans la boutique du grand-père à Yugi que Kaïba rencontra Yugi et ses amis. Le grand-père de Yugi possède l'une des rarissimes cartes "Blue Eyes White Dragon" qu'il garde comme son plus grand trésor: il ne le montre presque jamais. Gourmand et avide de pouvoir, Kaïba a même été jusqu'à le voler. En colère, Yami Yugi le bat (difficilement) et inflige une sanction à Kaiba : il l'enferme dans une carte et lui fait vivre l'enfer une nuit pour purifier son âme.

Kaïba ne s'en remet pas et n'a qu'une idée en tête : se venger. Et c'est pour cela qu'il crée le Death-T, un projet capable de se débarasser définitivement de Yugi. Il crée un parc d'attractions immense et envoie une invitation à Yugi et Jono-Uchi. Nos deux compères sont ensuite rejoints par Anzu et Honda ( + le petit frère de ce dernier). Ils se voient infligé moultes épreuves plus dangereuses les unes que les autres ( chasse à l'homme , chaise éléctrique, affrontement avec un tueur en série... ). C'est avec difficultés qu'ils arrivent à la fin de cette épreuve. Yugi se voit défié à un jeu de plateau par le frère de Kaïba, Mokuba. C'est ainsi que tous ses amis prennet conscience du deuxième Yugi, celui issu de cette métamorphose. C'est après avoir ridiculisé Mokuba que Yugi affronte Kaïba et venge son grand-père.

C'est à ce moment que commence la série TV. A suivre...